Im April 2013 wurden die ersten Installationen für ein Monitoringsystem in Litzlberg Süd vorgenommen. Die hierbei in die Seeuferstation angebrachten Erosionsmarker können durch eine regelmäßige Ablesung den Zustand des Welterbes dokumentieren. Durch diese Datenerhebungen werden Gefährdungszonen des Welterbes ermittelt, um bei Bedarf an die jeweilige Gefahrensituation angepasste Schutzmaßnahmen entwickeln zu können.
Die Erosionsmarker zeigen im Uferbereich leichte Erosion von einem Zentimeter. Die seeseitige Ausdehnung der Siedlung weist jedoch keine Erosion auf, es kommt in manchen Bereichen (EM 40, EM 60) sogar eher zu einer Sedimentierung. Problematisch zeigt sich jedoch die Situation in den Bojenkratern innerhalb der Schutzzone. In manchen Kratern durchbrechen die Eisenketten der Segelschiff-Bojen das Seesediment und erreichen die prähistorischen Kulturschichten. In diesen Bereichen reibt die Kette die Kulturschicht auf, durchwühlt die Stratifizierung und beschädigt die prähistorischen Objekte. Bereits 2013 könnten einige Krater bei denen die Kulturschicht zerstört wird ausfindig gemacht werden, bei der Besichtigung 2014 konnten nun weitere identifiziert werden.
Im tieferen Bereich (ab 2 m Wassertiefe) ist sehr lockeres Seesediment von 10 cm mit Pflanzenbewuchs über einem festerem Boden mit Kieseinschlüssen vorhanden. Hier konnten keine obertägigen Befunde ausgemacht werden. Daraus wird geschlossen, dass die Seeufersiedlung durch Seesediment und Bewuchs bedeckt und gut geschützt ist. Kulturschicht und Funde treten lediglich in den Bojenkratern zu Tage, die diese natürliche Schutzschicht zerstören.
Im näheren Uferbereich (unter 2 m Wassertiefe) verändert sich die Situation und große Steine mit Kies und Schotter bedecken das Seesediment mit Kieseinschlüssen. Darüber befindet sich eine ungefähr 3-5 cm dicke Schlickschicht. Zwischen den Steinen treten immer wieder Funde auf. Vorwiegend handelt es sich um Keramikfragmente, Hüttenlehm und Holzkohle. An manchen Stellen ist jedoch auch zwischen den Steinen Kulturschicht erkennbar. Kulturschicht tritt jedoch nur fleckenweise auf und bildet im Uferbereich keine durchgängige flächige Schicht mehr.
