Auf der Halbinsel Traunkirchen liegt die einzige Hallstattzeitliche Seeufersiedlung Österreichs (ca. 700-450 v.Chr.). Die ersten Siedlungsreste wurden 1981 auf der Untiefe vor dem Kloster entdeckt, als ein aufgrund laufendes Dampfschiff der Personenschifffahrt einen großen Graben in den Untergrund zog. An den Wänden des Grabens konnte J. Offenberger vom Bundesdenkmalamt Hölzer, Funde und Kulturschichten dokumentieren, die in die Eisenzeit datierten. Im Kreuzgang und Garten des heutigen Klosters fand sich später auch das zur Siedlung dazugehörige Gräberfeld mit reichen Bestattungen von der späten Bronzezeit (Urnenfelderzeit) bis in die Eisenzeit (Hallstattzeit). 

Am Übergang von der Bronzezeit zur Eisenzeit erlangte die Region um den Salzberg am Hallstättersee eine besondere Bedeutung für Mitteleuropa. Salz als wertvoller Rohstoff wurde über weite Strecken transportiert und diente zur Konservierung von Lebensmitteln, als Gewürz oder als Heilmittel. Traunkirchen am Traunsee, etwa 33 km von Hallstatt entfernt, spielte als Umschlagplatz für den urgeschichtlichen Salzhandel oder als Organisationszentrum für den Gütertransport nach Hallstatt mit großer Wahrscheinlichkeit eine wichtige Rolle. Der Reichtum, der durch den Salzabbau generiert wurde, schlägt sich auch in dem Gräberfeld von Traunkirchen nieder und lässt auf ein enges Zusammenspiel mit dem Salzproduzenten schließen. Neben dem Gräberfeld in Hallstatt zählt Traunkirchen zu einem der größten Bestattungsplätze aus der Hallstattzeit. 

Von 2020 bis 2021 untersuchte die Universität Innsbruck, gemeinsam mit dem Kuratorium Pfahlbauten die Siedlungsareale in Traunkirchen und entdeckte durch Bohrungen zwischen dem Klosterhügel und dem Johannisberg eine ehemalige, natürliche Bucht aus der Urgeschichte. Heute ist die Bucht mit Material verfüllt und in der Landschaft nicht mehr erkennbar, doch zur späten Bronzezeit und frühen Hallstattzeit könnte sie als Hafen für den Gütertransport verwendet worden sein.